软件侵权证据的特殊性，决定了软件侵权证据调查收集的重要性，如能正确运用法律赋予的权利，适用适合的手段采集侵犯软件证则能更好的把握软件侵权诉讼案件的进行，而针对软件侵权证据如何调查和收集呢？结合我们的办理经验，我们可以采取如下办法：
（一）当事人自己收集
诉讼中的极大多数证据是由当事人自己收集的，这符合民事诉讼的一般规律。软件的权利人要证明侵权人的侵权事实成立，须有一定的与诉讼请求相对应的证据。从另一方面讲，权利人要启动诉讼，首先要有起码的认定被告侵权的初步证据，否则，影响诉讼的启动和继续深入进行。权利人自己收集证据，应注意以下几个方面：(1)证明自己是权利人及权利范围的证据。我国《民事诉讼法》第108条规定，原告应是案件的直接利害关系者。表现在软件侵权诉讼中，原告应是该被侵权软件著作权、专利的所有权人，或软件著作权、专利权的独占、排他许可合同的被许可人。
(2)证明软件侵权行为发生及危害程度的证据。这是软件侵权诉讼比较关键的证据之一，也是较难收集的证据。目的是通过取证，让已经发生的，或正在发生的软件侵权行为，以证据的形式固定下来，以便在法庭上“再现”侵权之事实。
(3)证明侵权人身份的证据。《民事诉讼法》规定，诉讼须有明确的被告。在实体胜诉方面，须该被告是侵权行为的实施者。对被诉的侵权企业（或个人）真实的全称、住所地或主要营地，等等，都须完整和可靠地证实，并取得相关的证据材料。
(4)证明侵权行为的证据。侵权行为地是确定管辖法院的依据，证明侵权行为地的证据对认定侵权行为也起着证明或佐证的作用，侵权行为地分为侵权行为发生地和侵权行为结果地。当两者不一致时，就需要收集两地的证据。
当事人在自己收集证据时，常常会碰到一些单位不愿直接向当事人提供证据，如涉及到一些原始发票、报表而向有关部门调查时。为此，部分人民法院从1997年起，在民事经济审判中开始试行“调查令”制度，即当事人在民事诉讼中，因客观原因无法涉及某证据时，可以向法院提出申请，由法院签发给申请人的诉讼代理律师调查令，该律师可以持令向有关部门调阅和复制证据材料，被调查单位可涉及公安、工商、银行、档案、证券公司、税务、房产等部门。
（二）公证机关协助收集
当事人自行收集的证据，有时受到客观时间、地点、条件的限制，很难全面地反映事物的全部信息，如证据取得的过程、时间、地点等的反映；再如，存在于因特网上的侵权软件，因软件的脆弱性决定了其作为证据保存及证明其存在时期的难度。此时，由公证机关对证据及收集过程等予以公证，以证明被收集的证据之客观性就显得十分必要了。国家对此也有专门的规定。
目前，对公证收集证据上，争议最大的是公证员何时亮出自己的身份。实际的做法有三种，一是，从公证工作的开始，就表明公证员的身份。此做法最大的障碍是，当被调查人是侵权人时，其会权力地阻挠证据收集，甚至会销毁证据。二是，获取调查结果时，告知被调查人公证员的身份。采用此法，有时也会发生上述问题。三是不告知身份，直接出公证书。此最大的问题是，在法庭上，侵权人将以公证程序不合法为由抗辩，以否认该证据的效力。考虑到当前执法环境的状况，在此问题上法院的要求不是很苛刻。只要没有相反的证据，一般均认可公证书的效力。
（三）调取行政执法部门收集的证据
权利人可以向行政执法部门如版权局、知识产权局等，举报著作权、专利权被侵权之事，由行政部门查处。行政部门查处过程中收集的证据，以及处罚决定，都将可以成为法院受理侵权赔偿案件证据的来源。
（四）请求法院保全证据
当事人向法院起诉后，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，可以向法院申请保全证据。通常的做法是，由当事人提供初步证据，证明侵权的存在，并申请保全证据。法院立案后，将审查当事人的请求和担保，根据案件的实际情况作出是否准予的决定。如准许，即发出民事裁定，并由专门人员执行。
如果软件侵权物以单独的载体独立存在的，如非法复制的磁盘光盘，执行人员可以直接查封和加封并提走侵权样品。此时同样适用于侵权设备、工具和生产记录、帐册等。对于某些侵权软件存在于单机或局域网的电脑上的，通常执法人员采用这几种方法保全证据。
一、当场下裁在软盘上，加封后带走；
二、拆下硬盘，加封后带走；
三、原、被告双方均指派各自的专家在场，当场打开电脑对内存上的软件一一比较，对双方意见一致认定的软件侵权或不侵权软件，制作笔录，双方签字；对意见不一致的，下载加封后带走，在实际的诉讼进行中通过委托第三方司法鉴定机构进行鉴定分析；
综合如上，四种标准的调查证据手法，但如何在具体的软件侵权案件中进行运用则需要专业软件侵权律师的指导和把握；
