关于司法鉴定机构，目前我国主要有两个司法鉴定机构体系：（1由司法部以及地方省级司法行政管理部门根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》所赋职权核准颁发司法鉴定资质的司法鉴定机构；（2）由公安机关等政府部门内部设立的鉴定机构。上述两类鉴定机构在很多方面有区别。
（一）司法部和省司法厅登记的司法鉴定机构
根据司法部2005.09.29颁布的《司法鉴定机构登记管理办法》（司法部令第95号）规定，司法部负责全国司法鉴定机构的登记管理工作，依法履行职责。省级司法行政机关负责本行政区域内司法鉴定机构登记管理工作，依法履行职责。
司法鉴定机构的登记事项包括：名称、住所、法定代表人或者鉴定机构负责人、资金数额、仪器设备和实验室、司法鉴定人、司法鉴定业务范围等。
法人或者其他组织申请从事司法鉴定业务，应当具备下列条件：（一）有自己的名称、住所；（二）有不少于二十万至一百万元人民币的资金；（三）有明确的司法鉴定业务范围；（四）有在业务范围内进行司法鉴定必需的仪器、设备；（五）有在业务范围内进行司法鉴定必需的依法通过计量认证或者实验室认可的检测实验室；（六）每项司法鉴定业务有三名以上司法鉴定人。
经审核符合条件的，省级司法行政机关应当作出准予登记的决定，颁发《司法鉴定许可证》；《司法鉴定许可证》是司法鉴定机构的执业凭证，司法鉴定机构必须持有省级司法行政机关准予登记的决定及《司法鉴定许可证》，方可依法开展司法鉴定活动。《司法鉴定许可证》应当载明下列内容：机构名称；机构住所；业务范围；颁证机关和颁证时间；证书号码。
根据《司法鉴定人登记管理办法》规定，司法鉴定人是指运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提出鉴定意见的人员。司法鉴定人应当取得《司法鉴定人执业证》。全国实行统一的司法鉴定机构及司法鉴定人审核登记、名册编制和名册公告制度。司法鉴定人执业实行回避、保密、时限和错鉴责任追究制度。省级司法行政机关负责本行政区域内司法鉴定人的登记管理工作，依法履行职责。司法鉴定人的登记事项包括：姓名、性别、出生年月、学历、专业技术职称或者行业资格、执业类别、执业机构等。
个人申请从事司法鉴定业务，应当具有相关的高级专业技术职称；或者具有相关的行业执业资格或者高等院校相关专业本科以上学历，从事相关工作五年以上；从事经验鉴定型或者技能鉴定型司法鉴定业务的，应当具备相关专业工作十年以上经历和较强的专业技能。
有下列情形之一的，不得申请从事司法鉴定业务：因故意犯罪或者职务过失犯罪受过刑事处罚的；受过开除公职处分的；被司法行政机关撤销司法鉴定人登记的；所在的司法鉴定机构受到停业处罚，处罚期未满的；无民事行为能力或者限制行为能力的。
《司法鉴定人执业证》是司法鉴定人的执业凭证，使用期限为五年。应当载明下列内容：姓名；性别；身份证号码；专业技术职称；行业执业资格；执业类别；执业机构；使用期限；证书号码。
司法鉴定人享有下列权利：了解、查阅与鉴定事项有关的情况和资料，询问与鉴定事项有关的当事人、证人等；要求鉴定委托人无偿提供鉴定所需要的鉴材、样本；进行鉴定所必需的检验、检查和模拟实验；拒绝接受不合法、不具备鉴定条件或者超出登记的执业类别的鉴定委托；拒绝解决、回答与鉴定无关的问题；鉴定意见不一致时，保留不同意见；获得合法报酬。
司法鉴定人应当履行下列义务：受所在司法鉴定机构指派按照规定时限独立完成鉴定工作，并出具鉴定意见；对鉴定意见负责；依法回避；妥善保管送鉴的鉴材、样本和资料；保守在执业活动中知悉的国家秘密、商业秘密和个人隐私；依法出庭作证，回答与鉴定有关的询问；自觉接受司法行政机关的管理和监督、检查；参加司法鉴定岗前培训和继续教育。
（二）公安机关鉴定机构
尽管《公安机关鉴定机构登记管理办法》第一条就宣示其指定的法律依据为《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》，但是公安机关鉴定机构有如下特点：
（1）公安机关鉴定机构，是指公安机关及其所属的科研机构、院校、医院和专业技术协会等依法设立并开展鉴定工作的组织。主要是为解决案（事）件中的专门性问题，运用自然科学、社会科学理论和成果，依法对有关的人身、尸体、生物检材、痕迹、物品等，进行检验、出具鉴定意见的科学实证活动。
（2）公安机关鉴定机构的登记管理部门是公安部和各省、自治区、直辖市公安厅、局设立或者指定统一的登记管理部门。有他们负责鉴定机构资格的审核登记、延续、变更、注销、复议、名册编制与公告、监督管理与处罚等。登记管理部门不得收取鉴定资格登记申请单位和鉴定机构的任何登记管理费用。
（3）公安机关鉴定机构取得《鉴定机构资格证书》，方可进行鉴定工作。《鉴定机构资格证书》由公安部统一制发，分为正本和副本，正本和副本具有同等的法律效力。《鉴定机构资格证书》正本悬挂于鉴定机构住所内醒目位置，副本主要供外出办理鉴定有关业务时使用。《鉴定机构资格证书》有效期限为五年，自颁发之日起计算。鉴定机构登记的事项包括：名称、住所、法定代表人或主要负责人、鉴定人、鉴定业务范围、注册固定资产、使用技术标准目录等。
（4）公安机关鉴定机构的鉴定范围。地市级以上公安机关的鉴定机构可以申报登记开展下列检验鉴定项目：（一）法医类检验鉴定，包括法医临床、法医物证（可以单独申报开展DNA检测）、法医病理、法医人类学和法医毒理等检验鉴定；（二）痕迹检验鉴定，包括手印、足迹、工具、枪弹痕迹、车辆痕迹和号码、玻璃制品、纺织品、锁具和钥匙、牲畜蹄迹、整体分离痕迹和其他特殊痕迹物证的检验鉴定；（三）理化检验鉴定，包括毒物、毒品、药品、炸药、爆炸残留物、塑料、橡胶、油漆、纤维、助燃剂和其他微量物质的检验鉴定；（四）文件检验鉴定，包括笔迹、印章、伪造货币、证件、票据、污损文件、印刷文件和打印文件等检验鉴定；（五）声像资料检验鉴定，包括场所、物证和人相等照片、录像检验，以及语音分析与识别、视听资料等检验鉴定；（六）电子证据检验鉴定，包括对计算机存储设备和其他电子设备中存储的电子数据的检验鉴定；（七）心理测试，利用仪器设备对人个体进行心理分析；（八）警犬鉴别，利用警用工作犬对人个体气味进行辨识。根据科学技术发展和公安工作需要，鉴定机构可以申请开展其他鉴定项目。
县级公安机关的鉴定机构可以申报登记开展下列检验鉴定项目：（一）法医类检验鉴定；（二）痕迹检验鉴定；（三）文件检验鉴定；（四）声像资料检验鉴定；（五）心理测试；（六）警犬鉴别。
上述分析可见，公安机关鉴定机构不在司法部和各地司法厅登记，他们在知识产权司法鉴定领域涉及不多，鉴定范围基本上局限于传统的刑事案件的需要。
（三）关于人民法院鉴定人名册制度
此外，最高人民法院以及地方高级人民法院根据一定的标准，筛选部分司法鉴定机构进入《人民法院司法鉴定人名册》，在商业秘密民事诉讼中涉及要进行司法鉴定的，由双方在名录中协商选定鉴定机构进行司法鉴定，协商不成的由法院指定或摇号在名录中确定司法鉴定机构进行鉴定。具体规定如下：
（1）人民法院鉴定人名册制度，指人民法院经事前审查、批准、公示程序，将自愿接受人民法院委托鉴定的社会鉴定人列入本级法院的鉴定人名册。人民法院审理案件需要鉴定时，统一移送专门机构，负责对外委托或组织鉴定，以尊重当事人主张和在名册中随机选定相结合的办法确定鉴定人，并负责协调、监督鉴定工作。遵循属地管理、自愿申请、择优选录、资源共享、公开、公平的原则。鉴定人名册根据对外委托和组织鉴定的情况，对鉴定人名册实施动态管理。
（2）凡自愿申请进入人民法院鉴定人名册的社会鉴定、检测、评估等单位，应当填写《人民法院对外委托司法鉴定机构名册入册申请书》。以个人名义自愿申请进入人民法院鉴定人名册的专业技术人员，应当填写《人民法院司法鉴定专家名册入册申请书》。人民法院司法鉴定机构应当对提出申请的鉴定人进行全面审查，重点审查其执业资格，行业信誉，工作业绩，有无违规违纪行为。
（3）为避免重复登记，鉴定人应向属地人民法院提出入册申请。上级人民法院可在下级人民法院报批的名册中挑选鉴定人，但须征得该鉴定人的同意，经批准后列入上级人民法院的鉴定人名册。
（4）人民法院的鉴定人名册由最高人民法院统一编排后在《人民法院报》公告。各高级人民法院协助办理公告的相关事宜。按照本办法从鉴定人名册中删除或增补鉴定人的，应当逐级上报最高人民法院办理公告事宜。
（5）列入名册的鉴定人应当接受相关人民法院司法鉴定机构的年度审核。自愿退出名册的鉴定人，应向人民法院司法鉴定机构递交书面材料，经上级人民法院司法鉴定机构批准，从名册中除名。不参加年审，视为自动退出。
（6）人民法院司法鉴定机构受理本院或下级法院移送的鉴定案件后，应当指派一至两名鉴定督办人，负责协调、监督鉴定工作，协助解决有关问题，但不得干涉鉴定人独立做出鉴定结论。鉴定督办人的主要职责：组织当事人协商或随机选定鉴定人；负责办理委托鉴定手续；
按规定落实鉴定的回避事项；协调、配合鉴定人勘察现场、收集鉴定材料；协调、监督鉴定的进度；对鉴定文书进行审核，必要时组织相关人员听取意见；通知并督促鉴定人依法出庭。鉴定督办人主持当事人共同参与选定鉴定人。当事人在规定的时间无故缺席的，由鉴定督办人随机选定鉴定人。随机选定鉴定人是指采用抽签、摇号等随机的方法，从鉴定人名册中同一鉴定类别的鉴定人中确定鉴定人。当事人协商一致选定的鉴定人未纳入鉴定人名册时，鉴定督办人应当对该鉴定人进行审查，发现重大问题的，应当主持当事人重新选定鉴定人。
（7）司法鉴定所涉及的专业未纳入鉴定人名册时，人民法院司法鉴定机构可以从社会相关专业中，择优选定受委托单位或专业人员进行鉴定。如果被选定的鉴定人需要进入鉴定人名册的，按本办法规定程序办理。
（8）对外委托鉴定须选用外地法院或者上级法院的名册时，应当与建立该名册的人民法院司法鉴定机构联系，移送鉴定案件，或者及时告知协调、监督鉴定过程中的相关情况，由其提供必要的协助。
（9）列入人民法院鉴定人名册的鉴定人对鉴定结论承担责任。具有下列情形之一的，人民法院司法鉴定机构可视情形责令纠正、暂停委托、建议鉴定人行业主管给予处分、在《人民法院报》公告从名册中除名：未按本办法规定受理司法鉴定业务的；在鉴定过程中私自会见当事人的；违反鉴定程序、或者工作不负责任导致鉴定结论严重错误的；未履行保密义务的；无正当理由未按规定时限完成鉴定的；无特殊事由，未履行出庭等义务的。
