著作权作为最普遍的保护计算机软件的方法，为软件权利人赋予了很多权利，但实这种权利的享有也同意具有限制的地方，受到的保护也是有条件的保护。针对计算机软件著作权保护所受到的限制容易受到忽略，结合我们多年来办理计算机软件侵权纠纷案件的经验我们来共同探讨此问题。
1、对权利保护范围的限制
开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等等都不属于软件著作权保护的范围，且对软件保护仅限于由开发者独立开发，并已固定在某种有形物体上的具有创造性的软件。
2、软件的合理使用
合理使用原则是著作权法的一项重要制度，以前，我国对合理使用的情形规定了多种情况，但实在是件中发现某些不合理使用不利于对软件著作权的保护。例如，对软件作品的可以少量复制的规定，就因为量的模糊，而导致操作性的困难。少是相对的，何以为少，无法明确，这导致有人利用这样的模糊，而实施足以构成侵权的行为，却不用为此承担相关的侵权责任。
为了切实保护著作权人的合法利益，在新的软件条例中只规定了一种可以作为合理使用的情况，即只有在以学习和研究软件内含的设计思想和原理为目的的，并且通过安装、显示传输或存储软件等方式使用软件的情况下，可无需等待获得著作权人的许可使用之后使用，且不必向其支付报酬。但是行为人不得侵犯著作权人其他的合法权利。
3、为了保护软件合法复制品所有人的权利，对软件著作权的限制
软件复制所有人对其通过合法途径获得的软件复制品享有以下提到的3个方面的权利，这些权利实质上是对软件著作权的限制：
首先，软件合法复制人可以根据自己的需要，将改软件复制品安装到计算机等具有信心处理能力的装置内，以运行使用该软件的复制品，实现其功能。其次，由于软件的固定载体存在易损的缺陷，软件合法复制品所有人有权为了防止该软件复制品遭到损坏，合理备份该软件的复制品。而且一旦其丧失了对该软件复制品的所有权，就必须承担销毁备份的软件复制品的义务。
再次，为了使该软件复制品能够适应实际的计算机应用环境，或者为了提高该软件复制品的功能和性能，可以对其进行必要的修改。值得注意的是，对于经过修改的软件复制品，软件合法复制品所有人不得以任何方式擅自将其提供给他人，否则就构成了对软件权利人的侵犯，必须承担相应的责任。
4、执行国家法律法规或国家技术标准
由于必须执行国家有关政策、法律法规和规章，或者国家技术标准开发与已经存在的软件相似软件，不构成侵权。
5、社会公共利益原则
对于违反宪法、法律法规、规章、政策以及损害社会公共利益的软件，例如计算机病毒等，法律不予以保护。
6、最终用户可以使用未经授权的软件的例外
根据《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律的若干问题的解释》中规定：计算机软件用户未经许可或者超过许可范围商业使用计算机软件的，应依法承担民事责任。可见如果最终用户并非为了商业目的而使用未经授权的软件，是不需要承担责任的。这样规定，似乎对于软件权利人不公平，但是笔者认为，这一规定在社会公众利益和软件著作权之间起到了一定的平衡作用。法律在考虑权利人利益的同时应兼顾社会公众的利益，才能保证计算机软件行业的发展，否则公众不买账，软件权利人的利益就无从保护。况且，如果规定最总用户任何时候使用未经授权的软件都构成侵权，就回在追究侵权责任时，出现法律规定的可操作性太差的问题，包括取证困难、侵权人范围过大等问题，不利于软件的保护。
7、因可供选用的形式有限的而软件相似的
在软件开发时，由于可供选用的表现形式有限，造成新软件与已经存在的软件相似的软件，将不构成侵权。因为著作权法不保护思想，在有些情况下，由于一种创意只能由少数的几种方式来表达，使得其表达与创意思想无法区分，所以此类表达不受保护。
8、反向编译
反向编译又成软件的反向工程。软件反向工程师指软将软件的目标代码刑事经过反汇编、反编译、转化为人能阅读的源代码形式。这种方法通常是通过对计算机软件的目标程序进行分析并且反向推导出其相应的源程序，是通过反向编译获得软件中不受著作权保护的内容，如软件的功能、结构、处理流程、算法、界面、构思等。
一般情况下，反向编译的目的有以下几种：分析软件的功能；诊断和排除软件的存在的错误；分析软件是否侵害其他软件的著作权；完善该软件；开发该软件的附属品；开发该软件的兼容或功能相似的产品。
目前，我国对软件反向工程是否合法还没有相应的法律规定。而近年来欧美等国的一些判例已经出现了允许软件开发者为了获悉他人软件中所包含的思想原理，对该软件进行反编译、反汇编等工作的现象。但是允许反编译是有条件的，同时也不能对采取加密措施的软件进行解密，否则也构成软件的侵权。
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